牛的瘟病毒包括A型瘟病毒(1型牛病毒性腹瀉病毒,BVDV-1),、B型瘟病毒(2型牛病毒性腹瀉病毒,,BVDV-2)和H型瘟病毒(HoBi樣瘟病毒,HoBiPeV)等幾種,。迄今為止,,通過(guò)系統(tǒng)發(fā)育分析,BVDV-2的分離株已被分為三個(gè)亞型(a-c),,并根據(jù)5’非翻譯區(qū)(UTR)二級(jí)結(jié)構(gòu)提出了一個(gè)額外的亞型(d),。在之前的一項(xiàng)研究中,我們?cè)贕enBank數(shù)據(jù)庫(kù)中發(fā)現(xiàn)了一些BVDV-2序列,,通過(guò)對(duì)其基因組,、UTR或單個(gè)基因的系統(tǒng)發(fā)育分析,認(rèn)為這些序列不能歸類為a-c亞型,。我們又對(duì)這些序列進(jìn)行了詳細(xì)的研究,,并評(píng)估它們是否可能代表不同的BVDV-2亞型。最初,,我們從GenBank收集了85個(gè)BVDV-2完整/接近完整的基因組(CNCG),,并進(jìn)行了基于CNCG和開(kāi)放閱讀框(ORF)的系統(tǒng)發(fā)育分析“等效性證明”,這表明ORFs可以可靠地作為BVDV-2系統(tǒng)發(fā)育的參考目標(biāo),,使我們的數(shù)據(jù)集增加到139條序列,。其中,我們發(fā)現(xiàn)了7個(gè)不能歸類為BVDV-2a-c的序列,。在CNCG和病毒基因的系統(tǒng)發(fā)育分析中也觀察到了同樣的結(jié)果,。此外,七個(gè)非BVDV-2a-c序列在所有系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)中形成了一個(gè)獨(dú)特的簇,,我們建議將其命名為BVDV-2e,。與BVDV-2a-c相比,BVDV-2e還顯示了44個(gè)氨基酸的變化,,其中20個(gè)位于明確的位置,。重要的是,包括BVDV-2d在內(nèi)的額外系統(tǒng)發(fā)育分析以及BVDV-2e和BVDV-2d序列的成對(duì)比較也支持了這些亞型之間的差異,。最后,,我們建議將BVDV-2e識(shí)別為一種獨(dú)特的BVDV-2亞型,并鼓勵(lì)將其納入未來(lái)的系統(tǒng)發(fā)育分析中,,以了解其分布和進(jìn)化,。
原文鏈接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/36104508/